داستان قسمت دوم فیلم روز استقلال ، 20 سال پس قسمت اول اتفاق می‌ افتد. انسان‌ ها بعد از شکست دادن بیگانگان در قسمت قبل ، از تکنولوژی‌ های آنها استفاده کردند تا به پیشرفت‌ های تکنولوژیکِ دست پیدا کنند و این مساله باعث خشمگینی بیگانگان شده است و آنها برای باز پس گرفتن تکنولوژ یشان خود دوباره به زمین حمله می کنند و…

قهرمان قصه مرد سیاهپوستی است به نام الی (دنزل واشینگتن) که هدف اش رسیدن به ساحلِ غربی آمریکا و آب های آزاد است. آمریکایی که الی در آن پرسه می زند، یک سرزمین سوخته و ویران است. اتومبیل های قراضه و از کار افتاده و اسکلت های انسان در جای جای این سرزمین به چشم می خورد ...

دانشمندی به نام Vera Buckley متوجه می شود که یک شهاب سنگ در حال نزدیک شدن به زمین است و احتمال برخورد آن با زمین زیاد است. او محل برخورد شهاب سنگ را پیدا می کند و به محل آن یعنی بیابانی در نیومکزیکو میرود . او شاهد برخورد شهاب سنگ به زمین است. در لحظه برخورد شهاب سنگ به زمین موج انرژی شهاب سنگ او را می کشد. در همین زمان تعداد بسیار کمی از انسانها نیز در اثر همین موج می میرند ولی بعد از مدتی دوباره زنده می شوند. وقتی به خودشان می آیند متوجه می شوند که دارای نیروهایی ماوراء طبیعی هستند. آنها تنها نیستند شخصی درون شهاب سنگ بوده که حالا آزاد شده است. ولی این تمام ماجرا نیست چرا که شخصی که همراه با شهاب سنگ آمده برای دلیل خاصی آمده است...