داستان این فیلم درباره هیپاتیا (ریچل وایس) بانوی ستاره‌شناس و فیلسوف در اسکندریه در دوران حکومت روم بر این سرزمین در قرن چهارم میلادی و رابطه او با دو رقیب عشقی، یکی برده‌اش داووس (مکس مینگلا) و دیگری اشراف‌زاده‌ای به‌نام اریستس (اسکار آیزاک) است. داووس از سویی عاشق بانوی خود شده و از سویی دیگر می‌تواند با پیوستن به طغیان مسیحیان به آزادی برسد. در کنار داستان رمانتیک فیلم، داستان تاریخی نیز روایت می‌شود. داستان قدرت‌گیری مسیحیان و تسلط تعصب و جهل مذهبی بر خردورزی و دانش، که تصویری نمادین از کشمش‌های ایدئولوژیک دوران معاصر را تداعی می‌کند.

داستان تا حدی برگفته شده از از همون داستان قدیمیه سندباد هست اما موضوع اصلی از اینجا شروع میشه که سندباد در حالی که نمیدونست داره با پسر ولیعهد کشور مبارزه می کنه اونُ شکست میده و جادوگر کاری میکنه که اون پسر بمیره اینجا بود که ولیعهد سندباد و برادرشُ دستگیر میکنه و به زندان میندازه .ولیعهد در ابتدا برادر سندبادُ میکشه و...