داستان قسمت دوم فیلم روز استقلال ، 20 سال پس قسمت اول اتفاق می‌ افتد. انسان‌ ها بعد از شکست دادن بیگانگان در قسمت قبل ، از تکنولوژی‌ های آنها استفاده کردند تا به پیشرفت‌ های تکنولوژیکِ دست پیدا کنند و این مساله باعث خشمگینی بیگانگان شده است و آنها برای باز پس گرفتن تکنولوژ یشان خود دوباره به زمین حمله می کنند و…

این فیلم روزهای ترسناک بعد از جریانات رخ داده در 11 سپتامبر را حکایت می‌کند و درباره‌ی گروهی سرباز میباشد که به یک منطقه‌ی جنگی فرستاده می‌شوند تا ماموریتی فوق‌العاده مهم و خطرناک را با موفقیت به اتمام رسانند. اما…